Palestrante: Dr. Pepijn Kooij
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Tema Palestra: “10 years of fungal genomics with ONT MinION” (Palestra ministrada em Inglês).
Obtained BSc and MSc Biology at Wageningen University, The Netherlands, and PhD Biology – Ecology and Evolution at University of Copenhagen (2014). Worked as Early Career Research Fellow at the Royal Botanic Gardens, Kew (2015-2020) and Young Researcher Talent at UNESP – Rio Claro (2020-2023), funded through the CAPES-PrInt program. Currently holds a Young Research grant from FAPESP (#2019/22329-0) entitled “The role of asexuality in mutualism stability” at UNESP – Rio Claro at the Laboratory for Ecology and Systematics of Fungi (LESF). Has experience in the areas of Ecology, Evolution, Genomics, Phylogenetics, Mycology, and Myrmecology. My research focuses on the evolution of mutualistic interactions and in particular the intricate relationship between fungus-growing ants and their fungal crops. I work on the phylogenetic placement of these fungi in the family Agaricaceae and compare the genomes of the symbiotic fungi with free-living relatives. My expertise includes phylogenetics and comparative genomics. My current project aims to understand the maintenance of mutualistic symbioses. Partners in a mutualism are in a constant conflict, with each gaining the highest benefit when the partner allocates the most resources for the least costs. In mutualisms, sexual reproduction is often controlled by the host via unknown mechanisms. Asexuality occurs frequently among polyploid organisms, such as human fruit crops, arbuscular mycorrhizal fungi and the fungus grown by ants. The fungus-growing ant mutualism is an obligate relationship where each partner is dependent on the other for survival, which parallels human crop domestication. By keeping the fungal symbiont asexual, ants are able to keep it genetically stable, preventing the integration of recombined DNA, and avoiding resource allocation to the sexual organs of the fungus. The aim is to analyze the regulation of asexuality in the fungus grown by ants as influenced by polyploidy and the presence of a third party, a mycovirus, as mycoviruses have been shown to castrate human cultivated fungi. This project will combine high-throughput sequencing tools (i.e., ONT MinION) with in vitro experiments to determine the degree to which genetic diversity in the fungus correlates to efficiency as a mutualist (i.e., the tendency for the fungus not to divert energy into sexual reproduction). It will also analyze the degree to which the ants are able to affect rates and targets of methylation of fungal genes which effectively turns sets of genes on and off. Finally, it will investigate the presence and role of mycoviruses in asexuality.
Palestrante: Leila do Nascimento Vieira
Tema Palestra: Aplicações do sequenciamento Oxford Nanopore Technologies em espécies de plantas nativas e ameaçadas de extinção: uma experiência proporcionada pela iniciativa Org.one
Mestre e Doutora em Ciências, com área de concentração em Recursos Genéticos Vegetais pela Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC). Atualmente é professora do Departamento de Botânica da Universidade Federal do Paraná (UFPR) e atua no Programa de Pós-Graduação em Botânica da mesma instituição. É bolsista de produtividade da Fundação Araucária (PR). Possui experiência em biologia molecular de plantas, com ênfase em genômica e estudos evolutivos. Desenvolve projetos voltados à genômica da biodiversidade brasileira, especialmente com espécies nativas de interesse econômico.
Palestrante: Prof. Luiz Carlos Junior Alcantara
Tema Palestra: Navegação Ampliada para Vigilância Intensiva e Otimizada (NAVIO) e capacitação em Vigilância Genômica na América Latina
Coordenador do Consórcio internacional CLIMADE, Coordenador do Virus Evolution and Molecular Epidemiology Bioinformatics workshop – VEME. Pesquisador Titular da Fundação Oswaldo Cruz (Instituto René Rachou/FIOCRUZ Minas Gerais). Possui doutorado em Biologia Celular e Molecular pela Fundação Oswaldo Cruz. Possui também 2 pós-doutorados, um no Nelson Mandela Medical School da University of Kwa
Zulu-Natal da África do Sul, e outro no National Cancer Institute, do National Institutes of Health, Bethesda USA. É membro das redes de Vigilância arboviral RELDA e VIGENDA e da rede genômica PAHOGEN da Organização Pan-Americana de Saúde/OMS.
Palestrante: Gabriel da Rocha Fernandes
Tema Palestra: Uso do sequenciamento de fragmentos longos para resolver questões biológicas sensíveis
Bacharel em Ciências Biológicas (2006) pela Universidade Federal de Minas Gerais concluiu o doutorado em Bioinformática (2011) pela mesma instituição. Durante o doutoramento passou pelo European Molecular Biology Laboratory EMBL (2009-2010), em Heidelberg na Alemanha, sob a orientação do Dr. Peer Bork, referência em estudos genômicos e metagenômicos. Entre 2011 e 2014 foi responsável pela plataforma de Bioinformática do programa de Ciências Genômicas e Biotecnologia da Universidade Católica de Brasília. Em 2015 começou a carreira como Pesquisador em Saúde Pública no Instituto René Rachou Fiocruz Minas. Em 2018 tornou-se pesquisador associado ao Centro De Pesquisas Metabólicas Básicas da Universidade de Copenhagen. É membro do corpo permanente dos programas de pós-graduação em Bioinformática (UFMG) e em Ciências da Saúde (Fiocruz). Também compõe o corpo colaborador dos programas em Genética e Biologia Molecular (UFG), Genética (UFMG) e Medicina (USP). Tem grande experiência em genética e bioinformática, coordenando estudos que integram genômica e microbiomas para a construção de modelos preditivos usando aprendizado de máquina, bem como estudos de associação genômica, e desenvolvimento de ferramentas para análises de dados biológicos.
Palestrante: Prof. Dr. Rodrigo Nunes da Fonseca
Profile / Página Pessoal / Google Scholar / ORCID
Tema Palestra: Experiências da Unidade de Genômica Funcional do NUPEM/UFRJ com Oxford Nanopore Technologies
Rodrigo Nunes da Fonseca é Professor Associado do Instituto de Biodiversidade e Sustentabilidade (NUPEM) da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ-Macaé). Foi diretor do NUPEM-UFRJ (2014-22). Livre-Docente pela USP-Ribeirão Preto (2023) em Embriologia e Morfogênese. Membro Afiliado da Academia Brasileira de Ciências (2017-2021). Jovem Cientista (2013-2018) e Cientista do Nosso Estado da FAPERJ (2019-atual) e bolsista de produtividade Nivel 2 no CNPq – Comite Genética(2014-). Doutorado (2008) e pós-doutorado (2009) em genômica funcional e biologia evolutiva do desenvolvimento (Evo-Devo) na Universidade de Colônia, Alemanha. Publicou mais de 80 artigos em periódicos especializados com mais de 3500 citações (Google Scholar-Fator H=24). Tem mais de vinte orientações completas e orienta dez alunos de mestrado e doutorado como membro permanente dos dois programas de pós-graduação stricto sensu da UFRJ-Campus Macaé PPG-CiAC (Ciências Ambientais e Conservação), PPG-PGCF (Programa Multicêntrico em Ciências Fisiológicas) e do Programa de Excelência da UFRJ-Sede PPG-PCM (Programa de Ciências Morfológicas). Membro do corpo editorial das revistas (Frontiers in Ecology and Evolution, PeerJ, Journal of Experimental Zoology-B). Atuou como revisor de mais de 20 periódicos internacionais (Cell Reports, Genome Research, NAR, Frontiers in Genetics, Dev. Biol, FEBS J, dentre outros) particularmente na genética evolutiva do desenvolvimento de artrópodes. Possui colaborações com pesquisadores da Alemanha, França, Inglaterra, Noruega, Holanda e Estados Unidos particularmente com especialistas em estudos de Evo-Devo de invertebrados, sendo um dos entusiastas da área no Brasil (http://evodevobr.wordpress.
Palestrante: Kushal Suryamohan
Tema Palestra: “An overview of Oxford Nanopore’s bioinformatics solutions. Enabling data analysis for all levels of expertise through EPI2ME.” (Em Inglês)
Kushal Suryamohan holds a master’s degree in computer science and a PhD in Biochemistry from The University at Buffalo, the State University of New York where he developed machine learning algorithms to predict non-coding regulatory DNA elements or enhancers in model and non-model organisms. Following his Ph.D., he did his postdoctoral work at Stanford University and Genentech where he worked on cutting-edge genomics and bioinformatics techniques in oncology, population genomes and genome assembly and annotation. He has led large, multi-site bioinformatics teams to develop applications and software solutions in research and clinical bioinformatics. His past research works have been featured on the cover of Nature and Nature Genetics and in several media outlets including the New York Times, CNN, WIRED and The London Times. In 2024, Kushal joined Oxford Nanopore Technologies and has since led a team of field Bioinformatics scientists across the Americas. His team is focused on training, consulting and supporting nanopore’s customers to empower research in human,
microbial, metagenomics and non-human applications using Nanopore’s unique molecular sensing technology.
Palestrante: Paola Florez de Sessions
Tema Palestra: “Oxford Nanopore Technologies – Updates & Future Outlook.” (Em Inglês)
Paola Flórez de Sessions holds a PhD from Duke University where she helped elucidate the
mechanism of action of an oncolytic virus called PVS-RIPO, which targets glioblastomas. She did postdoctoral studies at the Novartis Institute for Tropical Diseases in Singapore. She worked in the dengue and tuberculosis units, where she was exposed and extremely interested in the world of
bioinformatics.
She was at the Genome Institute of Singapore (GIS) Efficient Rapid Microbial Sequencing (GERMS) Platform Leader at GIS, which specialized in short and long read sequencing for library preparation, sequencing and bioinformatics. GERMS specialized in small genomes: viral, bacterial, parasites and
fungal entities and their genomic peculiarities for both industrial purposes as well and public health genomics. The principal goal of the platform was to enable industrial and academic partners to use microbial genomics for a variety of applications 1 . In 2019, she joined Oxford Nanopore Technologies
and has led the technical services and applications teams in Singapore. In 2024, she transferred back to North America and is currently leading the technical services team for LATAM and the Caribbean.
We aim to democratize sequencing and to this end we want to enable our customers to have access to technical support for human, microbial and metagenomics applications using DNA and RNA long read technology.
