Nanopore Day
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đ§ŹOxford Nanopore Day Brasil 2025đ§Ź
Onde tecnologia, comunidade e ciĂȘncia se encontram em tempo real.
Venha participar do Oxford Nanopore Day, um evento exclusivo que reĂșne a comunidade brasileira de usuĂĄrios da tecnologia Oxford Nanopore Technologies! Um dia inteiro dedicado Ă troca de experiĂȘncias, aprendizado prĂĄtico e conexĂ”es valiosas.
05 de junho de 2025
Hotel Pullman Ibirapuera - SĂŁo Paulo/SP
08h Ă s 18h
Programação destaque:
Palestrante:Â Dr. Pepijn Kooij
Personal website / ResearchGate profile/ LinkedIn profile
Tema Palestra:Â â10 years of fungal genomics with ONT MinIONâ (Palestra ministrada em InglĂȘs).
Obtained BSc and MSc Biology at Wageningen University, The Netherlands, and PhD Biology â Ecology and Evolution at University of Copenhagen (2014). Worked as Early Career Research Fellow at the Royal Botanic Gardens, Kew (2015-2020) and Young Researcher Talent at UNESP â Rio Claro (2020-2023), funded through the CAPES-PrInt program. Currently holds a Young Research grant from FAPESP (#2019/22329-0) entitled âThe role of asexuality in mutualism stabilityâ at UNESP â Rio Claro at the Laboratory for Ecology and Systematics of Fungi (LESF). Has experience in the areas of Ecology, Evolution, Genomics, Phylogenetics, Mycology, and Myrmecology. My research focuses on the evolution of mutualistic interactions and in particular the intricate relationship between fungus-growing ants and their fungal crops. I work on the phylogenetic placement of these fungi in the family Agaricaceae and compare the genomes of the symbiotic fungi with free-living relatives. My expertise includes phylogenetics and comparative genomics. My current project aims to understand the maintenance of mutualistic symbioses. Partners in a mutualism are in a constant conflict, with each gaining the highest benefit when the partner allocates the most resources for the least costs. In mutualisms, sexual reproduction is often controlled by the host via unknown mechanisms. Asexuality occurs frequently among polyploid organisms, such as human fruit crops, arbuscular mycorrhizal fungi and the fungus grown by ants. The fungus-growing ant mutualism is an obligate relationship where each partner is dependent on the other for survival, which parallels human crop domestication. By keeping the fungal symbiont asexual, ants are able to keep it genetically stable, preventing the integration of recombined DNA, and avoiding resource allocation to the sexual organs of the fungus. The aim is to analyze the regulation of asexuality in the fungus grown by ants as influenced by polyploidy and the presence of a third party, a mycovirus, as mycoviruses have been shown to castrate human cultivated fungi. This project will combine high-throughput sequencing tools (i.e., ONT MinION) with in vitro experiments to determine the degree to which genetic diversity in the fungus correlates to efficiency as a mutualist (i.e., the tendency for the fungus not to divert energy into sexual reproduction). It will also analyze the degree to which the ants are able to affect rates and targets of methylation of fungal genes which effectively turns sets of genes on and off. Finally, it will investigate the presence and role of mycoviruses in asexuality.
Palestrante:Â Leila do Nascimento Vieira
Tema Palestra: AplicaçÔes do sequenciamento Oxford Nanopore Technologies em espĂ©cies de plantas nativas e ameaçadas de extinção: uma experiĂȘncia proporcionada pela iniciativa Org.one
 Mestre e Doutora em CiĂȘncias, com ĂĄrea de concentração em Recursos GenĂ©ticos Vegetais pela Universidade Federal de Santa Catarina (UFSC). Atualmente Ă© professora do Departamento de BotĂąnica da Universidade Federal do ParanĂĄ (UFPR) e atua no Programa de PĂłs-Graduação em BotĂąnica da mesma instituição. Ă bolsista de produtividade da Fundação AraucĂĄria (PR). Possui experiĂȘncia em biologia molecular de plantas, com ĂȘnfase em genĂŽmica e estudos evolutivos. Desenvolve projetos voltados Ă genĂŽmica da biodiversidade brasileira, especialmente com espĂ©cies nativas de interesse econĂŽmico.
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Palestrante:Â Prof. Luiz Carlos Junior Alcantara
Tema Palestra: Navegação Ampliada para Vigilùncia Intensiva e Otimizada (NAVIO) e capacitação em Vigilùncia GenÎmica na América Latina
Coordenador do ConsĂłrcio internacional CLIMADE, Coordenador do Virus Evolution and Molecular Epidemiology Bioinformatics workshop â VEME. Pesquisador Titular da Fundação Oswaldo Cruz (Instituto RenĂ© Rachou/FIOCRUZ Minas Gerais). Possui doutorado em Biologia Celular e Molecular pela Fundação Oswaldo Cruz. Possui tambĂ©m 2 pĂłs-doutorados, um no Nelson Mandela Medical School da University of Kwa
Zulu-Natal da Ăfrica do Sul, e  outro no National Cancer Institute, do National Institutes of Health, Bethesda USA. Ă membro das redes de VigilĂąncia arboviral RELDA e VIGENDA e da rede genĂŽmica PAHOGEN da Organização Pan-Americana de SaĂșde/OMS.
Palestrante:Â Gabriel da Rocha Fernandes
CurrĂculo Lattes âąÂ ORCID
Tema Palestra: Uso do sequenciamento de fragmentos longos para resolver questĂ”es biolĂłgicas sensĂveis
 Bacharel em CiĂȘncias BiolĂłgicas (2006) pela Universidade Federal de Minas Gerais concluiu o doutorado em BioinformĂĄtica (2011) pela mesma instituição. Durante o doutoramento passou pelo European Molecular Biology Laboratory EMBL (2009-2010), em Heidelberg na Alemanha, sob a orientação do Dr. Peer Bork, referĂȘncia em estudos genĂŽmicos e metagenĂŽmicos. Entre 2011 e 2014 foi responsĂĄvel pela plataforma de BioinformĂĄtica do programa de CiĂȘncias GenĂŽmicas e Biotecnologia da Universidade CatĂłlica de BrasĂlia. Em 2015 começou a carreira como Pesquisador em SaĂșde PĂșblica no Instituto RenĂ© Rachou Fiocruz Minas. Em 2018 tornou-se pesquisador associado ao Centro De Pesquisas MetabĂłlicas BĂĄsicas da Universidade de Copenhagen. Ă membro do corpo permanente dos programas de pĂłs-graduação em BioinformĂĄtica (UFMG) e em CiĂȘncias da SaĂșde (Fiocruz). TambĂ©m compĂ”e o corpo colaborador dos programas em GenĂ©tica e Biologia Molecular (UFG), GenĂ©tica (UFMG) e Medicina (USP). Tem grande experiĂȘncia em genĂ©tica e bioinformĂĄtica, coordenando estudos que integram genĂŽmica e microbiomas para a construção de modelos preditivos usando aprendizado de mĂĄquina, bem como estudos de associação genĂŽmica, e desenvolvimento de ferramentas para anĂĄlises de dados biolĂłgicos.
Palestrante: Prof. Dr. Rodrigo Nunes da Fonseca
Profile / PĂĄgina Pessoal / Google Scholar / ORCID
Tema Palestra: ExperiĂȘncias da Unidade de GenĂŽmica Funcional do NUPEM/UFRJÂ com Oxford Nanopore Technologies
Rodrigo Nunes da Fonseca Ă© Professor Associado do Instituto de Biodiversidade e Sustentabilidade (NUPEM) da Universidade Federal do Rio de Janeiro (UFRJ-MacaĂ©). Foi diretor do NUPEM-UFRJ (2014-22). Livre-Docente pela USP-RibeirĂŁo Preto (2023) em Embriologia e MorfogĂȘnese. Membro Afiliado da Academia Brasileira de CiĂȘncias (2017-2021). Jovem Cientista (2013-2018) e Cientista do Nosso Estado da FAPERJ (2019-atual) e bolsista de produtividade Nivel 2 no CNPq – Comite GenĂ©tica(2014-). Doutorado (2008) e pĂłs-doutorado (2009) em genĂŽmica funcional e biologia evolutiva do desenvolvimento (Evo-Devo) na Universidade de ColĂŽnia, Alemanha. Publicou mais de 80 artigos em periĂłdicos especializados com mais de 3500 citaçÔes (Google Scholar-Fator H=24). Tem mais de vinte orientaçÔes completas e orienta dez alunos de mestrado e doutorado como membro permanente dos dois programas de pĂłs-graduação stricto sensu da UFRJ-Campus MacaĂ© PPG-CiAC (CiĂȘncias Ambientais e Conservação), PPG-PGCF (Programa MulticĂȘntrico em CiĂȘncias FisiolĂłgicas) e do Programa de ExcelĂȘncia da UFRJ-Sede PPG-PCM (Programa de CiĂȘncias MorfolĂłgicas). Membro do corpo editorial das revistas (Frontiers in Ecology and Evolution, PeerJ, Journal of Experimental Zoology-B). Atuou como revisor de mais de 20 periĂłdicos internacionais (Cell Reports, Genome Research, NAR, Frontiers in Genetics, Dev. Biol, FEBS J, dentre outros) particularmente na genĂ©tica evolutiva do desenvolvimento de artrĂłpodes. Possui colaboraçÔes com pesquisadores da Alemanha, França, Inglaterra, Noruega, Holanda e Estados Unidos particularmente com especialistas em estudos de Evo-Devo de invertebrados, sendo um dos entusiastas da ĂĄrea no Brasil (http://evodevobr.wordpress.
Palestrante: Kushal Suryamohan
Tema Palestra: âAn overview of Oxford Nanoporeâs bioinformatics solutions. Enabling data analysis for all levels of expertise through EPI2ME.â (Em InglĂȘs)
Kushal Suryamohan holds a masterâs degree in computer science and a PhD in Biochemistry from The University at Buffalo, the State University of New York where he developed machine learning algorithms to predict non-coding regulatory DNA elements or enhancers in model and non-model organisms. Following his Ph.D., he did his postdoctoral work at Stanford University and Genentech where he worked on cutting-edge genomics and bioinformatics techniques in oncology, population genomes and genome assembly and annotation. He has led large, multi-site bioinformatics teams to develop applications and software solutions in research and clinical bioinformatics. His past research works have been featured on the cover of Nature and Nature Genetics and in several media outlets including the New York Times, CNN, WIRED and The London Times. In 2024, Kushal joined Oxford Nanopore Technologies and has since led a team of field Bioinformatics scientists across the Americas. His team is focused on training, consulting and supporting nanoporeâs customers to empower research in human,
microbial, metagenomics and non-human applications using Nanoporeâs unique molecular sensing technology.
Palestrante: Paola Florez de Sessions
Tema Palestra: “Oxford Nanopore Technologies â Updates & Future Outlook.” (Em InglĂȘs)
Paola FlĂłrez de Sessions holds a PhD from Duke University where she helped elucidate the
mechanism of action of an oncolytic virus called PVS-RIPO, which targets glioblastomas. She did postdoctoral studies at the Novartis Institute for Tropical Diseases in Singapore. She worked in the dengue and tuberculosis units, where she was exposed and extremely interested in the world of
bioinformatics.
She was at the Genome Institute of Singapore (GIS) Efficient Rapid Microbial Sequencing (GERMS) Platform Leader at GIS, which specialized in short and long read sequencing for library preparation, sequencing and bioinformatics. GERMS specialized in small genomes: viral, bacterial, parasites and
fungal entities and their genomic peculiarities for both industrial purposes as well and public health genomics. The principal goal of the platform was to enable industrial and academic partners to use microbial genomics for a variety of applications 1 . In 2019, she joined Oxford Nanopore Technologies
and has led the technical services and applications teams in Singapore. In 2024, she transferred back to North America and is currently leading the technical services team for LATAM and the Caribbean.
We aim to democratize sequencing and to this end we want to enable our customers to have access to technical support for human, microbial and metagenomics applications using DNA and RNA long read technology.
Palestrante:Leslie Domenici Kulikowski
Research / Leslie Domenici Kulikowski – Research Supported by FAPESP
Tema Palestra: “Do laboratĂłrio Ă clĂnica com a Nanopore.”Â
Professor Livre Docente do Departamento de Patologia da Faculdade de Medicina da USP, coordenadora do LaboratĂłrio de CitogenĂŽmica e Patologia Molecular do Hospital das ClĂnicas (HC – FMUSP) Pesquisa focada na arquitetura epigenĂŽmica associada a fenĂłtipos clĂnicos. Ampla experiĂȘncia no diagnĂłstico genĂ©tico e epigenĂ©tico de doenças raras e do neurodesenvolvimento, com ĂȘnfase em tecnologias de arrays, sequenciamento de 2a. e 3a. geração e perfis de metilação do DNA. Atuação internacional em projetos translacionais voltados Ă implementação de abordagens genĂŽmicas em ambientes clĂnicos.
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*Estas tarifas estarĂŁo visĂveis e identificadas como  âFeiras & Congressos  Oferta Especial”.
