Ferramentas de ultima geração validadas para a coleta e estabilização de ácidos nucléicos em amostras de microbiomas.
As cavidades oral e vaginal do corpo humano contêm uma coleção distinta de comunidades microbianas. Além disso, o microbioma oral pode ser subdividido em gengiva/placa ou língua, já que cada um pode hospedar uma coleção única de espécies microbianas. Observadas em todos os microbiomas humanos, estas comunidades microbianas são dinâmicas e podem variar entre indivíduos. A partir de vários estudos e pesquisas, as composições microbianas das cavidades oral e vaginal foram correlacionadas com diversas doenças e estados de saúde.
Para estudar com precisão os microbiomas orais e vaginais humanos o mais próximo possível do seu estado in vivo, é necessária a coleta e estabilização apropriadas de amostras. Em seu white paper publicado, os pesquisadores da DNA Genotek Inc. validaram três de seus dispositivos de coleta microbiana oferecidos para o estudo dos microbiomas vaginais e orais humanos (ou seja, gengiva/placa e língua).
A coleta das amostras de microbiomas das respectivas cavidades, foi realizada utilizando três dispositivos DNA Genotek baseados em swab, Dispositivos OMNIgene™•ORAL (OMR-110 e OMR-120) foram usados para coletar amostras orais (gengiva/placa e língua, respectivamente), enquanto o dispositivo OMNIgene™•VAGINAL (OMR-130) foi usado para coletar amostras vaginais. Uma vantagem significativa desses dispositivos OMNIgene™ específicos é que cada um deles pode estabilizar DNA e RNA para ensaios posteriores.
Através dos estudos realizados, os pesquisadores da DNA Genotek testaram os dispositivos OMNIgene™•ORAL (OMR-110 e OMR-120) e OMNIgene™•VAGINAL (OMR-130) em dois parâmetros, listados abaixo.
- Se os dispositivos fossem capazes de estabilizar ácidos nucleicos microbianos (DNA e RNA) em temperaturas flutuantes de transporte e enquanto armazenados em temperatura ambiente; e
- Se os perfis bacterianos obtidos a partir de amostras coletadas dos dispositivos permanecessem estáveis sob as mesmas condições de transporte e armazenamento mencionadas acima.
Os dispositivos OMNIgene•ORAL preservam os ácidos nucleicos e os perfis microbianos da língua e da gengiva/placa
Para avaliar a estabilidade do ácido nucleico após armazenamento em temperatura ambiente ou após transporte em temperatura ambiente, amostras de gengiva/placa e língua foram coletadas por 20 indivíduos saudáveis com os dispositivos OMNIgene™•ORAL (OMR-110 para amostras microbianas de gengiva/placa e OMR-120 para amostras microbianas da língua).
Ciclos de congelamento-descongelamento (-20°C a +30°C) foram usados para simular as condições de temperatura flutuantes que podem ocorrer durante o transporte em temperatura ambiente. Para a condição controle de armazenamento, as amostras foram armazenadas em -80°C. Em resumo, ambos os dispositivos demonstraram que a integridade do DNA e do RNA foi preservada quando as amostras foram mantidas em temperatura ambiente durante até 30 dias e após o transporte em temperatura ambiente (simulado por 3 ciclos de congelamento-descongelamento).
Utilizando os ácidos nucleicos extraídos, os perfis bacterianos em diferentes momentos pós-coleta foram gerados para avaliar a preservação dos mesmos, durante o armazenamento de 30 dias em temperatura ambiente ou após o envio em temperatura ambiente (novamente, simulado por múltiplos ciclos de congelamento-descongelamento). Perfis taxonômicos semelhantes entre amostras foram observados em vários momentos, sugerindo que ambos os dispositivos OMNIgene™•ORAL capturam e preservam perfis microbianos durante ambas as condições testadas.
Os dispositivos OMNIgene™•VAGINAL preservam os ácidos nucleicos e perfis microbianos vaginais
Seguindo o mesmo desenho de estudo, o dispositivo OMNIgene™•VAGINAL (OMR-130) foi utilizado para coletar amostras vaginais pareadas de 20 indivíduos saudáveis. A partir destas amostras, o DNA e o RNA extraídos foram avaliados em termos de estabilidade após armazenamento em temperatura ambiente ou após envio em temperatura ambiente (simulado por múltiplos ciclos de congelamento-descongelamento, como feito anteriormente). Mais uma vez, o DNA e o RNA extraídos também foram utilizados para estudar a similaridade entre os perfis bacterianos gerados em vários momentos.
Conforme observado com os dispositivos OMNIgene™•ORAL, a integridade do DNA e RNA e os perfis taxonômicos bacterianos foram capturados de forma semelhante quando as amostras foram coletadas com o dispositivo OMNIgene™•VAGINAL, sugerindo que o dispositivo OMNIgene™•VAGINAL é capaz de preservar com precisão os ácidos nucleicos e perfis microbianos vaginais a partir de amostras coletadas também.
Principais conclusões sobre os dispositivos OMNIgene•ORAL e OMNIgene•VAGINAL
Para apoiar ainda mais seus testes simulados, os pesquisadores da DNA Genotek também testaram o desempenho dos dispositivos OMNIgene™•ORAL e OMNIgene™•VAGINAL em condições reais de envio de amostras e processamento em laboratório. Neste cenário, amostras reais foram coletadas de voluntários em Ottawa, Canadá, e depois enviadas em temperatura ambiente para a Diversigen – uma subsidiária da OraSure Technologies Inc. e empresa irmã da DNA Genotek – localizada em Minneapolis, EUA. As amostras coletadas foram analisadas utilizando os serviços de sequenciamento metagenômico da Diversigen.
Algumas das pautas principais, que devem ser consideradas após a realização dos estudos são que:
- Esses dispositivos podem preservar ácidos nucleicos microbianos de alta qualidade (DNA e RNA) durante o transporte em temperatura ambiente e durante o armazenamento prolongado em temperatura ambiente.
- Os dispositivos OMNIgene•ORAL (OMR-110, OMR-120) e OMNIgene•VAGINAL (OMR-130) mantêm a estabilidade do perfil bacteriano das amostras durante o transporte em temperatura ambiente e o armazenamento em temperatura ambiente por até 30 dias. Os dispositivos mantêm o perfil microbiano neutro das amostras sem introduzir tendências detectáveis.
- Os dispositivos OMNIgene•ORAL (OMR-110, OMR-120) e OMNIgene•VAGINAL (OMR-130) são ferramentas validadas para estudos de microbioma com a capacidade de capturar e estabilizar com precisão perfis microbianos complexos a partir do ponto de coleta e posteriormente.
